但是皇甫嵩都没有应召，直到汉灵帝以公车征辟皇甫嵩为侍郎，这才迁任北地太守。

    公元184年，因为叛徒唐周的告密，张角星夜传檄四方，发动起义，史称“黄巾之乱”，黄巾义军（初期义军，后期贼子）所到之处，燔烧官府，劫略乡邑，一时之间州郡失守，长吏逃亡，天下响应，京师为之震动。

    东汉朝廷惶恐不安，马上采取镇压措施，首先，汉灵帝命令各州郡在雒阳外围的八个关隘——函谷、太谷、广成、伊阙、轘辕、旋门、孟津、小平津设置都尉，布防护卫；接着，便任命何进为大将军，率左、右羽林军屯驻都亭；朝廷还采纳了皇甫嵩和中常侍吕强的建议，解除党禁，赦免天下党人，拿出宫中藏钱和西园厩马赐给将士；另外，汉灵帝起用卢植为北中郎将，皇甫嵩为左中郎将、朱儁为右中郎将，各持节，调发全国精兵分击黄巾义军。

    皇甫嵩与朱儁调发五校（既北军五校，是中央主要常备军，即屯骑、越骑、步兵、长水、射声五校尉所带领的常备兵）三河（即河东、河内、河南）骑兵，同时招募精壮之士，共计四万多人，皇甫嵩率领其中一部，共同镇压起义军。

    因为朱儁先与黄巾军波才部作战失败，皇甫嵩只能退守长社，波才率大兵包围城，
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