天启元年四月，辽阳覆。廷议设天津巡抚，专饬海防，改毕自严右佥都御史以往。置水军，缮战舰，备戎器。及熊廷弼建三方布置策，天津居其一，增设镇海诸营，用戚继光遗法，水军先习陆战，军由是可用。魏忠贤令锦衣千户刘侨逮天津废将，毕自严以无驾帖疏论之，报闻。四方所募兵日逃亡，用毕自严言，摄其亲属补伍。兵部主事来斯行有武略，毕自严请为监军。山东白莲妖贼起，来斯行率五千人往，建功颇多。

    万历四十六年时，因辽左用兵，议行登、莱海运。万历四十七年二月，特设户部侍郎一人，兼右佥都御史，出督辽饷，先帝乃命毕自严代。叙前平贼功，进右都御史兼户部左侍郎。时议省天津巡抚，令督饷侍郎兼领其事，即以委毕自严。又议讨朝鲜，毕自严言不可遽讨，当俟请贡输诚，东征效力，徐许其封耳。京师数地震，因言内批宜慎，恩泽宜节，人才宜惜，内操宜罢，语甚切直。毕自严在事数年，综核撙节，公私赖之。

    天启五年，以右都御史掌南京都察院。天启六年正月，就改户部尚书。魏忠贤议鬻南太仆牧马草场，以助三大殿工。毕自严持不可，遂引疾归。

    崇祯元年，毕自严以度支大绌，请核逋赋，督屯田，严考成，汰冗卒，停蓟、密、
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