教徒的缘故，导致了侯爵对第一权臣的态度的改变。两年后，埃克塞特侯爵参与了西南地区的叛乱运动。

    1538年11月初，侯爵与他的妻子，长子爱德华·考特尼被逮捕并被监禁于伦敦塔内。1538年12月3日，侯爵在星室法庭内受到了审判。尽管没有充分的证据表明他参与了所谓的埃克塞特阴谋叛乱。但是，由于他与罗马红衣主教的通信行为，最终侯爵还是被判有罪。

    1538年1月9日，侯爵被处以斩首的死刑后，所有的爵位以及在康沃尔郡和德文郡拥有的大片领地也被王室没收，他的妻子和长子也都被剥夺了所有的权利。到了1540年，侯爵夫人获释得以离开伦敦塔。

    随后，侯爵夫人与亨利八世的长女玛丽·都铎公主殿下长期保持着亲密伙伴间的友谊。当玛丽公主殿下继位成为玛丽一世女王后，侯爵的长子于1553年8月3日获释，重新被授予了德文伯爵一世的头衔及领地。

    依旧拥有王室血统的埃克塞特侯爵的死，是亨利八世的宗教改革产生的一系列后果中的一种。对此，伊莎贝尔对这位侯爵的死只是表示出一种无奈的态度。而威廉·帕尔只是一位依附于身分、地位被得到改变的姐姐的新贵族，看上去似乎也不会有太大的作为
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